Arg(R)、Lys(K)、Leu(L)是SILAC常用的氨基酸。將(13C，15N，2H)等穩定同位素標記的R、K、L加入細胞培養基中，在細胞進行蛋白質合成時，這些穩定同位素標記的氨基酸自然被“摻入”到蛋白質中。通過>6代的細胞增殖，整個細胞的蛋白質組會被
穩定同位素氨基酸”標記”；
SILAC“標記”了蛋白質與“未標記”的蛋白質（普通培養基培養）存在數目的質量差異，該質量差異在后續LC-MS的質譜( MSl)中呈現一對同位素質譜峰，通過質譜峰的信號強度能實現對2組樣品中每一個蛋白質表達水平的定量，終能確定蛋白質表達水平差異（差異蛋白質組學分析）和區分特異性和非特異性相互作用（蛋白質相互作用分析）；同時通過質譜( MS/MS，MS2)實現對樣品中蛋白質的鑒定。
SILAC技術結合LC-MS能同時實現對2組樣品中蛋白質的定性和定量分析。通過定墨信息能直接反映出樣品之間的蛋白質表達水平差異，便于快速找到感興趣的目標分子。同時，利用SILAC技術，能明顯提高的
檔次。
SILAC氨基酸對照表：
SILAC實驗設計：
