一個基因表達結果是產生相應的蛋白質（或酶）。因此檢測蛋白質是測定基因表達的主要標志，檢測蛋白質的方法很多，除ELISA法外，也可用與檢測DNA和RNA相類似的吸印方法。前兩法有“南”和“北”之意，故本法遂被延伸稱為Western（西）印跡法，該法能用SDS聚丙烯酰胺凝膠電泳分辨出與專一抗血清結合的專一性蛋白質。將聚丙烯酰胺凝膠上分辨出的蛋白質轉移到硝酸纖維素膜上并與一抗體共孵。一抗體專一地與待分離蛋自質的抗原決定簇結合，然后用另一種蛋自質，如135I-蛋白A或辣根過氧化物酶連接的山羊抗IgG檢測已結合上去的抗體。本法所需時間6小時或過夜。 蛋白質的聚丙烯酰胺凝膠電泳 幾乎所有蛋白質電泳分析都在聚丙烯酰胺凝膠上進行，而所用條件總要確保蛋白質解離成單個多肽亞基并盡可能減少其相互間的聚集。常用的方法是將強陰離子去污劑SDS與某一還原劑并用，并通過加熱使蛋白質解離后再加樣于電泳凝膠上。變性的多肽與SDS結合并因此而帶負電荷，由于多肽結合SDS的量幾乎總是與多肽的分子量成正比而與其序列無關，因此SDS多肽復合物在聚丙烯酰凝膠電泳中的遷移只與多肽的大小相關。在達到飽和的狀態下，每克多肽約可結合1.4克去污劑，借助已知分子量的標準參照物，則可測算出多肽鏈的分子量。 SDS聚丙烯酰胺凝膠電泳大多在不連續緩沖系統中進行，其電泳槽緩沖液的pH值與離子強度不同于配膠緩沖液，當兩電極間接通電流后，凝膠中形成移動界面，并帶動加入凝膠的樣品中所含的SDS多肽復合物向前推進。樣品通過高度多孔性的積層膠后，復合物在分離膠表面聚集成一條很薄的區帶（或稱積層）。曲于不連續緩沖系統具有把樣品中的復合物全部濃縮于極小體積的能力，故大大提高了SDS聚丙烯酰胺凝膠的分辨率。 廣泛使用的不連續緩沖系統早是由Ornsstein（1964）和Davis（1964）設計的，樣品和積層膠中含Tris-Cl（pH6.8），上下槽緩沖液含Tris-甘氨酸（pH8.3），分離膠中含Tris-Cl（pH8.8）的。系統中所有組分都含有0.1％的SDS（Laemmli, 1970），樣品和積層膠中的氯離干形成移動界面的先導邊界而甘氨酸分子則組成尾隨邊界，在移動界面的兩邊界之間是一電導較低而電位滴度較陡的區域，它推動樣品中的多肽前移并在分離膠前沿積聚，此處pH值較高，有利于甘氨酸的離子化，所形成的甘氨酸離子穿過堆集的多肽并緊隨氯離子之后，沿分離膠泳動。從移動界面中解脫后，SDS多肽復合物成一電位和pH值均勻的區帶泳動穿過分離膠，并被篩分而依各自的大小得到分離。
